PCR Zündkapseln
Definition einer PCR Zündkapsel:
PCR Zündkapseln werden kurz, synthetisch synthetisierte Oligonucleotides normalerweise kürzer als 50 Nukleotide einzeln-angeschwemmt (häufig 18-25 Nukleotide).
Anwendungen der PCR Zündkapseln
PCR Zündkapseln sind, sie ergänzend zum Anfang und zum Ende des DNA Fragments des Interesses so wichtig auch sind, das man verstärken muß. Zündkapseln wählen folglich die Grenzen der Region vor, von PCR verstärkt zu werden. Während des PCR Ausglühenzyklus tempern PCR Zündkapseln zur ergänzenden Region der DNA. DNA Polymeraseschwergängigkeit und die 3’ OH- des oligo läßt die Synthese von DNA auftreten.
Wählende PCR Zündkapseln
Wichtige Zu betrachten Faktoren, Wenn Wählende Zündkapseln:
- Optimales Tm (Ausglühen T) ~ 50-60°C
- Oligonucleotide Gaschromatographie-Inhalt sollte zwischen 40-60% sein.
- Errechnetes Tm (schmelzende Temperatur) für beide Zündkapseln, die in der Reaktion benutzt werden, sollte nicht sich unterscheiden > 5°C.
- Besser gekleidetere Ausglühentemperatur ist normalerweise 5°C unter dem errechneten niedrigeren Tm. Jedoch sollte sie für einzelne Bedingungen empirisch gewählt werden.
- Innere Selbst-ergänzende Haarnadeln von > 4 und der Dimer > 8 sollten vermieden werden.
- Terminus 3' ist extrem der empfindliche Fall - es darf nicht zu irgendeiner Region der anderen Zündkapsel ergänzend sein, die in der Reaktion benutzt wird und muß die korrekte Unterseite zur Verfügung stellen, die zur Schablone zusammenpaßt.
- Wenn möglich, sollten Zündkapseln beginnen und Ende mit 1-2 G oder C Überresten
- Zündkapseln sollten keine extendisve Sekundärstruktur oder Selbst-Komplementarität haben (kann Zündkapsel-Dimer ergeben).
PCR Zündkapsel-Design
Programme, zum Sie im PCR Zündkapsel-Design zu unterstützen:
Primer3
WebPrimer
Finden Sie sie hier - PCR Zündkapsel-Design-Werkzeuge.