Pcr εγχυτήρες
Καθορισμός ενός pcr εγχυτήρα:
Pcr οι εγχυτήρες είναι κοντά single-stranded, συνθετικά συντεθειμένα oligonucleotides συνήθως κοντύτερα από 50 νουκλεοτίδες (συχνά 18-25 νουκλεοτίδες).
Εφαρμογές pcr των εγχυτήρων
Pcr οι εγχυτήρες είναι σημαντικοί δεδομένου ότι συμπληρώνουν την αρχή και το τέλος του τεμαχίου DNA ενδιαφέροντος που κάποιος πρέπει να ενισχύσει. Οι εγχυτήρες επομένως επιλέγουν τα όρια της περιοχής που ενισχύεται από pcr. Κατά τη διάρκεια του pcr ανοπτώντας κύκλου, pcr οι εγχυτήρες ανοπτούν στη συμπληρωματική περιοχή του DNA. Η σύνδεση και τα 3 OH πολυμεράσεων’ DNA του οληγο επιτρέπουν στη σύνθεση του DNA για να εμφανιστούν.
Επιλογή pcr των εγχυτήρων
Σημαντικοί παράγοντες που εξετάζουν κατά την επιλογή των εγχυτήρων:
- Βέλτιστο TM (ανόπτηση Θ*Τ) ~ 50- 60°C
- Oligonucleotide το χρωματογραφία-περιεχόμενο πρέπει να είναι μεταξύ 40-60%.
- Το υπολογισμένο TM (θερμοκρασία τήξης) και για τους δύο εγχυτήρες που χρησιμοποιούνται στην αντίδραση δεν πρέπει να διαφέρει > 5°C.
- Η ανοπτώντας θερμοκρασία εγχυτήρων είναι συνήθως 5°C κάτω από το υπολογισμένο χαμηλότερο TM. Εντούτοις πρέπει να επιλεχτεί εμπειρικά για τους μεμονωμένους όρους.
- Εσωτερικά μόνος-συμπληρωματικά hairpins > 4 και dimers > 8 πρέπει να αποφευχθούν.
- 3 "το τέρμα είναι εξαιρετικά διακρίνον κεφαλαία και μικρά - δεν πρέπει να συμπληρώσει οποιαδήποτε περιοχή του άλλου εγχυτήρα που χρησιμοποιείται στην αντίδραση και πρέπει να παρέχει τη σωστή βάση που ταιριάζει με το πρότυπο.
- Εάν είναι δυνατόν, οι εγχυτήρες πρέπει να αρχίσουν και να τελειώσουν με 1-2 υπολείμματα γ ή γ
- Οι εγχυτήρες δεν πρέπει να έχουν οποιαδήποτε δευτεροβάθμια δομή ή μόνος-συμπληρωματικότητα extendisve (μπορεί να οδηγήσει στα εγχυτήρας-δημερς).
Pcr σχέδιο εγχυτήρων
Προγράμματα για να βοηθηθούν pcr στο σχέδιο εγχυτήρων:
Primer3
WebPrimer
Τους βρείτε εδώ - pcr εργαλεία σχεδίου εγχυτήρων.