Pcr ανίχνευση λαθών
Pcr προβλήματα και λύσεις, pcr βοήθεια
Αυτό που είναι pcr σας το πρόβλημα;:
Μακριά μη συγκεκριμένα pcr προϊόντα;
Πρόβλημα:
Μακριά μη συγκεκριμένα προϊόντα pcr
Κατά τρέξιμο ενός πηκτώματος αγαρόζης την επισημαίνετε τις μεγαλύτερες μη συγκεκριμένες pcr ζώνες που δεν είναι το σωστό μέγεθος.
Λύσεις στα μακριά μη συγκεκριμένα προϊόντα pcr:
Ανοπτώντας χρόνος μείωσης
Χρόνος επέκτασης μείωσης
Θερμοκρασία επέκτασης μείωσης σε 62-68º γ
Η συγκέντρωση αύξησης KCl (απομονωτής) σε 1.2x-2x, αλλά κρατά τη συγκέντρωση MgCl2 κατά 1.52mM
Η συγκέντρωση αύξησης MgCl2 μέχρι 3-4,5 mM αλλά κρατά τη σταθερά συγκέντρωσης dNTP.
Χρήση λιγότερος εγχυτήρας
Πάρτε το λιγότερο πρότυπο DNA
Πάρτε τη λιγότερη πολυμεράση Taq
Εάν καμία από τις ανωτέρω εργασίες: ελέγξτε τον εγχυτήρα για τις επαναλαμβανόμενες ακολουθίες (το ΦΥΣΗΜΑ ευθυγραμμίζει την ακολουθία με τις βάσεις δεδομένων) και αλλάξτε τον εγχυτήρα (σ)
Συνδυασμός μερικοί/όλων των ανωτέρω.
Πρόβλημα:
Pcr dimers εγχυτήρων
Κατά τρέξιμο ενός πηκτώματος αγαρόζης, την επισημαίνετε μερικές πολύ μικρές pcr ζώνες. Αυτοί είναι το μέγεθος του εγχυτήρα σας ή για το μέγεθος και των δύο εγχυτήρων σας (Α και Β) από κοινού. Αυτοί καλούνται "dimers εγχυτήρων" και διαμορφώνονται με την ανόπτηση του εγχυτήρα σας με το ή με τον άλλο εγχυτήρα.
Λύσεις dimers εγχυτήρων pcr:
Χρήση λιγότερος εγχυτήρας.
Ο εγχυτήρας επανασχεδιασμών και διατάζει μια νέα batch. Σιγουρευτείτε ότι χρησιμοποιείτε το λογισμικό και τον έλεγχο σχεδίου εγχυτήρων για την μόνος-ανόπτηση και ότι οι εγχυτήρες δεν μοιράζονται ένα μεγάλο ποσοστό της συμπληρωματικής ακολουθίας. Ελέγξτε τους εγχυτήρες προσεκτικά για το σχηματισμό χομο-δημερ και χετερο-δημερ με OligoAnalyzer
Διευθύνετε pcr με και χωρίς formamide.
Τιτλοδοτήστε Mg2 + (MgCl - 1,5, 2,0, 2,5 και 3,0 mM) συγκέντρωση.
Αυξήστε το ποσό προτύπων DNA (συγκέντρωση).
Αυξήστε την ανοπτώντας θερμοκρασία (δοκιμή που βελτιστοποιεί χρησιμοποιώντας μια pcr κλίσης μηχανή για να βρεί τη βέλτιστη θερμοκρασία για την ανόπτηση).
Προσπαθήστε DMSO μέχρι 5%.
Προσπαθήστε pcr HotStart αντί κανονικό pcr πολυμεράσεων Taq.
Συνδυασμός μερικοί/όλων των ανωτέρω.