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methGraph: Una herramienta de la visualización del genoma para los análisis Polimerización en cadena-basados de la metilación.
Epigenetics. 11 de febrero 2010; 5 (2)
Autores: Lefever S, Hoebeeck J, Pattyn F, Tusnády G, De Paepe A, Speleman F, Arányi T, Vandesompele J
Anormalidades en la metilación de la DNA de las islas de CpG que desempeñan un papel en la expresión de gene de regla del affecto del gene y por lo tanto desempeñan un papel en enfermedad, incluyendo cáncer. los métodos de análisis Bisulfito-basados de la metilación de la DNA tales como polimerización en cadena metilación-específica (MSP) y bisulfito que ordena (BiSeq) son los más de uso general estudiar la metilación gene-específica de la DNA. Evaluar especificidad y la visualización de la posición de las cartillas de la polimerización en cadena en su contexto genomic es una tarea laboriosa y aburrida, sobre todo debido a los cambios de la secuencia inducidos durante la conversión del bisulfito. Con este fin, desarrollamos el methGraph, una aplicación web para fácil, rápidamente y la visualización flexible y exacto en la evaluación de calidad del silico de los análisis Polimerización en cadena-basados de la metilación. El comienzo del proceso de la visualización sometiendo las secuencias de la cartilla de la polimerización en cadena para el gravamen de la especificidad y asociando en el genoma usando el ePCR de BiSearch cartilla-busca algoritmo. El paso de progresión siguiente abarca la selección de las pistas relevantes de la anotación del genoma de UCSC para la visualización en el gráfico final. Una pista de encargo que muestra todos los dinucleótidos individuales de CpG, representando su distribución en la isla de CpG también se proporciona. Finalmente, el methGraph crea un fichero de la CAMA que se cargue por teletratamiento automáticamente al hojeador del genoma de UCSC, después de lo cual se extraen y se hacen los ficheros de imagen resultantes disponibles para la visualización y la transferencia directa. Las figuras de alta calidad generadas se pueden modificar para requisitos particulares y exportar fácilmente para el uso en publicaciones o presentaciones. el methGraph está disponible en http://mellfire.ugent.be/methgraph/.
PMID: 20160504 [PubMed - según lo proveído por el editor]
Desarrollo de un método en tiempo real de la polimerización en cadena para sexing rápido del preimplantati humano…
Desarrollo de un método en tiempo real de la polimerización en cadena para sexing rápido de los embriones humanos del preimplantation.
Reprod Biomed en línea. El 2010 de enero; 20 (1): 75-82
Autores: Martinhago C, Vagnini L, Petersen C, Mauri A, Baruffi R, de Oliveira R, Franco J
Los genes en el cromosoma de X se saben para ser responsables de más de 200 enfermedades hereditarias. Después de IVF, la selección simple de sexo del embrión antes de la transferencia uterina puede prevenir la ocurrencia del descendiente afectado entre pares a riesgo para estos desordenes genéticos. La puntería de esta investigación era desarrollar un método rápido de la diagnosis genética del preimplantation (PGD) usando la reacción en cadena en tiempo real de polimerasa (polimerización en cadena) para sexing de embriones humanos, y compararlo a la técnica "in-situ" del hibridación de la fluorescencia, considerada ser el patrón oro. Después de que las biopsias fueran obtenidas a partir de 40 embriones no viables de sobra para la transferencia, un total de 98 blastómeras eran analizadas. Era posible analizar 24 embriones (el 60%) por ambas técnicas, generando un total de 70 blastómeras (35 por técnica), mientras que 28 blastómeras a partir de 16 embriones (el 40%) eran analizadas solamente por la polimerización en cadena en tiempo real. Un método rápido y seguro fue desarrollado en el actual estudio para la diagnosis sexual de una sola célula humana (blastómera y célula bucal) usando la tecnología emergente de la polimerización en cadena en tiempo real.
PMID: 20158991 [PubMed - según lo proveído por el editor]