Cartillas de la polimerización en cadena
Definición de una cartilla de la polimerización en cadena:
Las cartillas de la polimerización en cadena son nucleótidos generalmente más cortos de una sola fila, sintetizadamente sintetizados cortos de los oligonucleótidos de 50 (a menudo 18-25 nucleótidos).
Aplicaciones de las cartillas de la polimerización en cadena
Las cartillas de la polimerización en cadena son tan importantes que son complementarias al principio y al extremo del fragmento de la DNA del interés cuál necesita amplificar. Las cartillas por lo tanto seleccionan los límites de la región para ser amplificadas por la polimerización en cadena. Durante el ciclo del recocido de la polimerización en cadena, las cartillas de la polimerización en cadena destemplan a la región complementaria de la DNA. El atascamiento y los 3 ' OH de la polimerasa de DNA del oligo permite que la síntesis de la DNA ocurra.
Elegir las cartillas de la polimerización en cadena
Factores importantes a considerar al elegir las cartillas:
- TM óptimo (~ 50-60°C del recocido T)
- El Cromatografía-contenido del oligonucleótido debe estar entre 40-60%.
- TM calculado (temperatura de fusión) para ambas cartillas usadas en la reacción no debe diferenciar >5°C.
- La temperatura del recocido de la cartilla es generalmente 5°C debajo de TM más bajo calculado. Sin embargo debe ser elegida empírico para las condiciones individuales.
- Las horquillas uno mismo-complementarias internas de >4 y de los dimeros >8 deben ser evitadas.
- el ' término 3 es extremadamente con diferenciación entre mayúsculas y minúsculas - no debe ser complementario a ninguna región de la otra cartilla usada en la reacción y debe proporcionar a la base correcta que corresponde con al modelo.
- Si es posible, las cartillas deben comenzar y extremo con 1-2 G o residuos de C
- Las cartillas no deben tener ninguna estructura secundaria o uno mismo-complementariedad del extendisve (puede dar lugar a Cartilla-dimeros).
Diseño de la cartilla de la polimerización en cadena
Programas para asistirle en diseño de la cartilla de la polimerización en cadena:
Primer3
WebPrimer
Encuéntrelos aquí - las herramientas de diseño de la cartilla de la polimerización en cadena.