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  Documents nouvellement édités d'ACP - journal à jour

ACP quantitatif en temps réel dans le diagnostic cérébral de toxoplasmose de H brésilien…

ACP quantitatif en temps réel dans le diagnostic cérébral de toxoplasmose des patients HIV-infectés brésiliens.

Microbiologie de Med de J. 11 février 2010 ;

Auteurs : Mesquita droite, Ziegler AP, RM de Hiramoto, Vidal JE, Pereira-Chioccola VL

La toxoplasmose cérébrale est la lésion de masse cérébrale la plus commune dans des personnes atteints du SIDA au Brésil avec la mortalité et la morbidité élevées, en dépit du libre accès à HAART. Le diagnostic moléculaire basé sur l'ACP conventionnel (cnPCR) ou l'ACP quantitatif en temps réel (qrtPCR) a été indispensable au diagnostic définitif. Nous enregistrons ici l'évaluation du qrtPCR dans le sang et des échantillons du fluide céphalo-rachidien (CSF) provenant des personnes atteintes du SIDA au Brésil. Cette étude éventuelle a été entreprise pendant 2 années, analysant des échantillons d'ADN extraits à partir de 149 personnes atteintes du SIDA (98 51 de CSF échantillons de sang et) avec le diagnostic clinique et radiologique confirmé. Le diagnostic de laboratoire a inclus le cnPCR (l'amorce B22/B23 étant placé) et l'immunofluorescence indirecte (SI). Pour le qrtPCR, deux positionnements d'amorce ont été simultanément conçus des gènes précédemment décrits utilisant la sonde FAM de TaqMan MGB teindre-étiquetés. On était B1Tg qui a amplifié un ordre du gène B1. L'autre était le RETg, qui a amplifié un produit d'ACP de l'ordre de 529 points d'ébullition. Les résultats globaux de cnPCR et de qrtPCR étaient : On a observé des résultats positifs dans 33.6% (50 patients). Les sensibilités étaient 98% pour le cnPCR (B22/B23), 86% et 98% pour le qrtPCR (B1Tg et RETg, respectivement). Les réactions négatives étaient 66.4%. Les spécificités étaient 97% pour le cnPCR et le qrtPCR (B1Tg) ; et 88.8% pour RETg. Ces données affichent que RETg est fortement - sensible pendant qu'elles amplifient une région de répétition avec beaucoup de copies ; cependant, sa spécificité est inférieure aux autres repères. D'une part, B1Tg a eu la bonne spécificité, mais la sensibilité inférieure. Parmi les patients, 20 ont eu le sang et le CSF s'est rassemblé simultanément. Ainsi, leurs résultats nous ont permis d'analyser et comparer le diagnostic moléculaire, sérologique et clinique pour un meilleur arrangement les différents scénarios du diagnostic de laboratoire et clinique. Pour neuf patients présentant le diagnostic cérébral confirmé de toxoplasmose, on a observé quatre scénarios : i et II diagnostic moléculaire négatif dans le CSF et positif dans le sang avec la variable SI titres dans les sérums et le CSF ; diagnostic III moléculaire positif dans le CSF et négatif dans le sang ; et diagnostic moléculaire iv-positif dans les deux échantillons. Dans les dernières deux situations, normalement SI les titres en sérums et le CSF sont variables. D'autres infections opportunistes ont été affichées dans 11 patients. En dépit de SI les titres en sérums et le CSF étant variable, tous avaient le diagnostic moléculaire négatif dans les deux échantillons. le qrtPCR tient compte de l'identification rapide des échantillons d'hospitalisé d'ADN de gondii de T. et dans une minorité de cas les anomalies se produisent avec le cnPCR.

PMID : 20150319 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

Validation d'une méthode d'ACP pour la détection des mycoplasmas selon la section européenne 2.6.7 de pharmacopée.

Biologicals. 9 février 2010 ;

Auteurs : Zhi Y, Mayhew A, Seng N, Takle gigaoctet

La publication récente d'une section révisée pour le test de mycoplasma dans la pharmacopée européenne [1] a mené pour intéresser en validant une technique d'amplification d'acide nucléique (NAT) pour l'usage dans la détection des contaminants de mycoplasma en drogues de biologics. Le remplacement par ou la supplémentation des méthodes culture-basées existantes avec une méthode ACP-basée a plusieurs avantages pour l'industrie biopharmaceutical, principalement en ce qui concerne le temps d'exécution réduit pour des résultats, et le coût potentiellement abaissé. Le remplacement ou la substitution des méthodes existantes par une méthode d'ACP exige la démonstration de la limite équivalente d'analyse de la détection (LOD) et de la spécificité. Les conditions expérimentales pour cette validation de comparabilité ont été énumérées en détail dans la section de PE référencée ci-dessus. En cette publication, nous décrivons l'analyse de validation et de comparabilité d'une méthode d'ACP exécutée exactement selon les conseils de PE. L'accomplissement de cette activité de validation a eu comme conséquence la disponibilité d'une analyse qui répond ou dépasse à des exigences de conformité de PE pour une méthode de détection de mycoplasma.

PMID : 20149967 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

Détection miniature de sur-puce de l'ADN méthicilline-résistante non épurée de Staphylococcus aureus (MRSA) utilisant l'ACP en temps réel.

J Biotechnol. 8 février 2010 ;

Auteurs : Chambre DL, Chon ch, CB de Creech, PE de Skaar, Li D

Ce document évalue la capacité de détecter trois formes de Staphylococcus aureus méthicilline-résistant (MRSA) dans un système microfluidic. Le MRSA était hors puce préparé par des niveaux de variation de préparation témoin : on contenant a épuré l'ADN genomic, des autres ne contenant le surnageant d'une préparation brute utilisant les réactifs simples, et un tiers par la préparation bouillie de culture sans aucun réactif supplémentaire. Des puces microfluidic de Polydimethylsiloxane (PDMS) ont été fabriquées utilisant la lithographie douce et puis collées sur une glissade de couverture en verre de 22x22x0.1mm. Un couvercle fabriqué d'une façon semblable a été utilisé pendant le compactage pour empêcher la formation et l'évaporation de bulle dans la puce bien-basée stationnaire. Un cycler thermique miniature basé sur un réchauffeur résistif et un petit ventilateur ont été employés pour faire un cycle par les températures désirées pour l'amplification en chaîne par réaction et des mesures fluorescentes d'intensité ont été prises à chaque cycle. Chaque forme de descripteur a fourni des résultats positifs utilisant le système micro-ACP développé (vérifié avec l'électrophorèse de gel). Une dilution séquentielle de l'ADN genomic purifiée a fourni à une courbe standard une efficacité de 1.77. La plus basse concentration qui a fourni des résultats positifs clairs est venue d'un échantillon 3muL contenant 11.2pg de l'ADN. La capacité de détecter MRSA dans un échantillon ayant subi la préparation minimale témoin est une étape nécessaire dans le développement d'un système de détection de point-de-soin capable d'identifier les organizations infectieuses.

PMID : 20149828 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

Validation et expérience de normalisation internationale pour une analyse d'ACP d'atterrissage de mycoplasma.

Biologicals. 9 février 2010 ;

Auteurs : Asarnow D, Warford A, Fernandez L, Hom J, Sandhu G, Candichoy Z, Luna G, Goldman M, Rarich R

Une analyse d'ACP a été développée pour surveiller des fermenteurs de production de rFVIII pour la contamination de mycoplasma. La méthode utilise un procédé simple d'extraction suivi d'un protocole qualitatif d'ACP de « atterrissage » (le TD) avec des amorces spécifiques au gène du rRNA 16S. La méthode a la capacité de détecter un éventail d'espèces de mycoplasma. La validation a été exécutée selon des directives d'ICH et a confirmé une limite de détection de entre les copies 579 et 1715 de génome de mycoplasma clouées par ml d'échantillon, et une plus grande spécificité 1000-10,000-fold a comparé aux bactéries grampositives. Dans une étude de comparabilité, elle était comparable dans la sensibilité au bouillon FDA-recommandé actuel et l'agar culture-a basé la méthode vers le bas à une unité de formation de colonies (cfu) /ml. La méthode a été validée pour son usage destiné comme remplacement pour la détection culture-basée de mycoplasma pendant la surveillance courante de fermenteur. Des autorisations réglementaires pour la méthode ont été obtenues dans plusieurs des régions principales et les activités sont continues pour aborder des soucis d'agence concernant la limite de la détection comparative de la méthode aux analyses culture-basées.

PMID : 20149683 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

La culture en temps réel et la sérologie d'ACP pour le diagnostic du gallisepticum de mycoplasma dans le sélectionneur de poulet s'assemble.

Microbiologie de vétérinaire. 28 janvier 2010 ;

Auteurs : Kahya S, Temelli S, Eyigor A, Carli KT

Cette étude a visé à comparer un essai en temps réel d'ACP (rPCR) à la limite de détection améliorée à la sérologie et la culture pour la détection de l'infection du gallisepticum de mycoplasma (magnésium) en bandes de sélectionneur de poulet. Six cents et quarante-six sangs et échantillons trachéaux de tige appartenant à 31 bandes de sélectionneur de poulet de parent ont été testés par le rPCR. La limite de détection du rPCR était 0.9pgmul (- 1), avec de l'ADN pure et le 100colony de contrainte du magnésium S6 formant des unités (CFUs) ml (- 1), où culture pure et des tiges trachéales ont été artificiellement clouées avec la même contrainte. La bande séropositive évaluent basé sur le magnésium RPA et des HI ont été calculés en tant que 48.4% (15/31) et 32.3% (10/31), respectivement, alors que la culture et des cadences rPCR-positives de bande étaient 16.1% (5/31) et 29.0% (9/31), respectivement. Sur l'analyse bande-basée, la méthode de culture a détecté 5 sur 10 bandes séropositives de mg (sensibilité 50%, spécificité 100%), tandis que le rPCR a détecté 8 sur 10 bandes (sensibilité 80%, spécificité 95%). Les accords entre la sérologie et la culture, et la sérologie et le rPCR étaient 83.9% et 90.3%, respectivement. Sur l'analyse échantillon-basée individuelle, la méthode de culture a détecté 26 sur le poulet séropositif de mg 78 (sensibilité 33%, spécificité 100%), tandis que le rPCR a détecté 51 sur 78 poulets séropositifs de mg (sensibilité 65%, spécificité 96%). Il y avait l'accord 91.9% et de 91.4% entre la sérologie et la culture, et sérologie et rPCR, respectivement. Les résultats de cette étude indiquent que le rPCR avec la limite de détection in vitro améliorée pourrait détecter le magnésium en bandes séropositives de poulet. Par conséquent, nous informons l'utilisation du rPCR et/ou la cultivons pour la confirmation des résultats de sérologie obtenus à partir de l'infection de magnésium de criblage en bandes de poulet.

PMID : 20149561 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

Analyses ACP-basées spécifiques pour l'identification des espèces de Fasciola : leur utilité de développement, d'évaluation et de potentiel dans des enquêtes de prédominance.

Med Parasitol d'Ann Trop. 2010 janv. ; 104 (1) : 65-72

Auteurs : AI L, Dong SJ, Zhang WY, S.M. d'Elsheikha, Mahmmod YS, Lin RQ, yuan ZG, Shi YL, Huang WY, Zhu XQ

Parmi les helminthes infectant des ruminants en Chine soyez trois taxa appartenant au genre Fasciola : Hepatica de F., gigantica de F. et la soi-disant « forme intermédiaire » qui semble se trouver entre ces deux espèces. Basé sur les ordres des deuxièmes entretoises interne-transcrites (ITS-2) dans l'ADN ribosomal nucléaire des parasites (rDNA), une paire de détail des amorces (DSJf/DSJ3) pour le hepatica de F. et d'un détail des paires (DSJf/DSJ4) pour le gigantica de F. a été conçue et utilisé pour se développer ACP-a basé des analyses. Ces analyses ont permis l'identification et la différentiation du hepatica de F., du gigantica de F. et du Fasciola « intermédiaire », sans des amplicons produits à partir des échantillons hétérologues d'ADN. Les résultats de l'ordonnancement ont confirmé l'identité spécifique à l'espèce des produits amplifiés. Les analyses ont affiché la bonne sensibilité, donnant des résultats positifs avec aussi le peu de que 0.11 NG d'ADN de hepatica de F. et 0.35 NG d'ADN de gigantica de F. Ceci a signifié que l'ADN d'un oeuf simple de Fasciola ou d'un escargot infecté simple était suffisante pour l'identification du taxon de Fasciola. Les analyses développées d'ACP ont pu fournir les outils utiles pour la détection, l'identification et la recherche épidémiologique sur l'infection de Fasciola chez l'homme, d'autres mammifères et escargots.

PMID : 20149293 [PubMed - dans le processus]

L'antigenemia Pp65, l'ACP en temps réel de plasma et les DBS testent dans les nouveaux-nés congénitalement infectés symptomatiques et asymptomatiques de cytomégalovirus.

BMC infectent le DIS. 11 février 2010 ; 10 (1) : 24

Auteurs : Binda S, Mammoliti A, Primache V, Dido P, Corbetta C, Mosca F, Pugni L, Bossi A, Ricci C, Barbi M

ABSTRAIT : FOND : Beaucoup (cCMV) les nouveau-nés congénitalement cytomégalovirus-infectés sont en danger pour des conséquences graves, même si elles sont asymptomatiques à la naissance. L'estimation du chargement viral dans le sang néonatal a pu aider en identifiant les bébés en danger des conséquences. MÉTHODES : Dans la présente étude, nous avons élaboré les résultats obtenus sur des prises de sang rassemblées en deux premières semaines de la vie de 22 nouveaux-nés symptomatiques et 48 asymptomatiques avec cCMV diagnostiqué par le test d'urine. Nous avons évalué les exécutions de deux méthodes quantitatives (essai d'antigenemia pp65 et ACP en temps réel de plasma) et des résultats semi-quantitatifs de l'essai sec de la prise de sang (DBS) dans le but d'identifier une méthode valide pour mesurer le chargement viral. RÉSULTATS : Le qPCR de plasma et les essais de DBS étaient positifs dans 100% des cas, antigenemia dans 81%. Seulement le dernier essai a donné des résultats quantitativement différents dans symptomatique contre les enfants asymptomatiques. des valeurs de qPCR de 1E+03 copies/ml ont été trouvées dans 52% de nouveau-né. Les cas « forts » de positivité d'essai de DBS ont eu des valeurs médianes plus élevées de pp65 PBL positif et d'ADN copies/ml que des cas avec une positivité « faible ». CONCLUSIONS : Car l'essai prévu d'antigenemia était moins sensible que les essais moléculaires et l'essai de DBS ont exécuté mieux sur des échantillons avec des cadences plus élevées de pp65 PBL positif et nombres plus élevés d'ADN copies/ml. La signification pronostique des résultats de ces essais sera évaluée sur l'accomplissement de la collection continue de données de suivi de ces enfants.

PMID : 20149232 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

Polymorphismes du récepteur de Leptin (LEPR) SNP dans des patients de syndrome de HELLP déterminés par ACP de temps réel et analyse quantitatifs de courbe de fusion.

Med Genet de BMC. 11 février 2010 ; 11 (1) : 25

Auteurs : Varkonyi T, Lazar L, Molvarec A, que le NG, Rigo J, Nagy B

ABSTRAIT : FOND : Plusieurs études ont affiché l'overexpression du leptin dans des expériences de microarray dans le pre-eclampsia (PE) et dans le hemolysis, enzymes élevées de foie, bas syndrome des plaquettes (HELLP). Nous avons décidé d'étudier quatre polymorphismes du récepteur de leptin (LEPR) SNP dans des patients de syndrome de HELLP en utilisant l'ACP de temps réel et l'analyse quantitatifs de courbe de fusion. MÉTHODES : L'ADN a été isolée dans des prises de sang de 83 femmes enceintes normotendues et de 75 patients de syndrome de HELLP. Quatre SNPs, LEPR c.326A>G (K109), LEPR c.668A>G (Q223R), LEPR c.1968G>C (K656N) et LEPR c.3024A>G (S1008) ont été déterminés par ACP de temps réel et analyse quantitatifs de courbe de fusion. Des investigateurs ont été aveuglés aux résultats cliniques. RÉSULTATS : L'allèle de LEPR c.326A>G, de LEPR c.668A>G, de LEPR c.1968G>C et de LEPR c.3024A>G, génotype et polymorphismes de haplotype n'étaient pas différent dans des patients de syndrome de HELLP et des pregnants sains normotendus. Il y avait le déséquilibre fort de liaison (LD) entre les lieux c.326A>G et c.6687A>G (D'= 0.974), et les c.668A>G et les c.1968G>C (D = 0.934), et les c.326A>G et les c.1968G>C (D = 0.885), et les c.1968G>C et des c.3024A>G (D = 1.0). Cependant, les liaisons de c.3024A>G avec c.668A>G (D = 0.111) et c.326A>G (D'= 0.398) étaient faibles. On a observé l'équilibre Robuste-Weinberg pour tous les polymorphismes. Cependant le génotype de c.326A>G AG de LEPR était deux fois plus fréquent et (GG AG d'AG AG) le haplotype était trois fois plus fréquent dans des patients de syndrome de HELLP. L'ACP quantitatif introduit de temps réel combiné avec l'analyse de courbe de fusion est une méthode rapide et fiable pour la détermination de LEPR SNPs. CONCLUSION : Bien que certains haplotypes de LEPR soient plus fréquents dans le syndrome de HELLP, nous concluons qu'il n'y a aucune évidence irrésistible que les quatre ont étudié des polymorphismes de LEPR SNP liés au développement du syndrome de HELLP.

PMID : 20149225 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

Une commande interne souple pour l'usage comme ADN dans l'ACP en temps réel et comme ARN dans des analyses renversées en temps réel d'ACP de transcription.

Microbiologie de Lett APPL. 22 janvier 2010 ;

Auteurs : Cerfs communs DM, KA de Lampel, González-Escalona N

Objectifs d'abstrait : Pour développer et évaluer une commande interne TaqMan-basée d'amplification (IAC) qui peut être employée comme ADN dans l'ACP en temps réel (qPCR) ou comme ARN dans l'ACP en temps réel de transcription renversée (qRT-ACP) pour identifier la présence de l'inhibition d'analyse et pour évaluer son incorporation dans le qPCR existant et méthodes qRT-ACP pour la détection bactérienne. Méthodes et résultats : UNE ADN IAC a été construite en produisant d'un ordre aléatoire de 198 points d'ébullition qui a été synthétisé et inséré dans un vecteur pZErO-2 et transformé en Escherichia coli. L'ARN IAC a été produit par la transcription in vitro de l'ADN IAC. Les deux formats d'IAC ont été testés individuellement dans des réactions de TaqMan de singleplex et également inclus dans des analyses multiplex existantes. L'ADN IAC a été incorporée dans une analyse de qPCR de détection d'espèces de Shigella (visant l'ipaH). L'ARN IAC a été avec succès évalué dans un qRT-ACP de détection d'espèces de salmonelles (utilisant invA ADN messagère comme cible). Conclusions : Un IAC fortement souple qui peut supplément au qPCR et des méthodes de détection du microbe pathogène qRT-ACP a été développé, réduisant considérablement les effets de confusion des négatifs faux en raison des inhibiteurs d'ACP sans affecter la détection de microbe pathogène. Signification et incidence de l'étude : La fréquence des négatifs faux s'est associée aux analyses de qPCR est répandue dans certaines matrices, en particulier ceux impliquant les nourritures complexes. Par conséquent, l'IAC présenté ici fournit une solution aux réactions faux-négatives imprévues dans l'ACP.

PMID : 20149084 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]

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