Amorces d'ACP
Définition d'une amorce d'ACP :
Les amorces d'ACP sont les nucléotides habituellement plus courts monocatenaires et synthétiquement synthétisés courts d'oligonucléotides que 50 (souvent 18-25 nucléotides).
Applications des amorces d'ACP
Les amorces d'ACP sont tout importantes qu'elles sont complémentaires au début et à la fin du fragment d'ADN d'intérêt lesquels doit amplifier. Des amorces choisissent donc les bornes de la région pour être amplifiées par ACP. Pendant le cycle de recuit d'ACP, les amorces d'ACP recuisent à la région complémentaire de l'ADN. L'attache et les 3 ' OH d'ADN polymérase de l'oligo permet à la synthèse de l'ADN de se produire.
Choix des amorces d'ACP
Facteurs importants à considérer en choisissant des amorces :
- Le TM optimal (~ 50-60°C de recuit T)
- Le Chromatographie-contenu d'oligonucléotide devrait être entre 40-60%.
- Le TM calculé (la température de fonte) pour les deux amorces utilisées dans la réaction ne devrait pas différer >5°C.
- La température de recuit d'amorce est habituellement 5°C au-dessous du TM inférieur calculé. Cependant elle devrait être choisie empiriquement pour différentes conditions.
- Des épingles à cheveux individu-complémentaires intérieures de >4 et des dimères >8 devraient être évitées.
- 3 ' terminus distinguent les majuscules et minuscules extrêmement - il ne doit pas être complémentaire à aucune région de l'autre amorce utilisée dans la réaction et doit fournir la base correcte s'assortissant au descripteur.
- Si possible, les amorces devraient démarrer et extrémité avec 1-2 G ou résidus de C
- Les amorces ne devraient avoir aucune structure secondaire ou individu-complémentarité d'extendisve (peut avoir comme conséquence les Amorce-dimères).
Conception d'amorce d'ACP
Programmes pour vous aider dans la conception d'amorce d'ACP :
Primer3
WebPrimer
Trouvez-les ici - des outils de conception d'amorce d'ACP.