Iniettori di PCR
Definizione di un iniettore di PCR:
Gli iniettori di PCR sono brevi nucleotidi single-stranded e sinteticamente sintetizzati dei oligonucleotides solitamente più brevi di 50 (spesso 18-25 nucleotidi).
Applicazioni degli iniettori di PCR
Gli iniettori di PCR sono per quanto siano importanti complementari all'inizio ed all'estremità del frammento del DNA di interesse quale deve amplificare. Gli iniettori quindi selezionano i limiti della regione per essere amplificati dalla PCR. Durante il ciclo di ricottura di PCR, gli iniettori di PCR temprano alla regione complementare del DNA. Il grippaggio della polimerasi di DNA ed i 3 ' OH dell'oligo permette che la sintesi di DNA accada.
Scelta degli iniettori di PCR
Fattori importanti da considerare quando scelgono gli iniettori:
- Il TM ottimale (~ 50-60°C di ricottura T)
- Il Gascromatografia-soddisfare del Oligonucleotide dovrebbe essere fra 40-60%.
- Il TM calcolato (temperatura di fusione) per entrambi gli iniettori utilizzati nella reazione non dovrebbe differire >5°C.
- La temperatura di ricottura dell'iniettore è solitamente 5°C sotto il TM più basso calcolato. Tuttavia dovrebbe essere scelta empiricamente per le diverse circostanze.
- Le forcelle auto-complementari interne di >4 e dei dimeri >8 dovrebbero essere evitate.
- ' l'estremità 3 è estremamente con distinzione delle maiuscole e delle minuscole - non deve essere complementare ad alcuna regione dell'altro iniettore utilizzato nella reazione e deve fornire la base corretta che corrisponde al modello.
- Se possibile, gli iniettori dovrebbero avviarsi ed estremità con 1-2 G o i residui di C
- Gli iniettori non dovrebbero avere alcuna struttura secondaria o auto-complementarità del extendisve (può provocare Iniettore-dimeri).
Disegno dell'iniettore di PCR
Programmi per aiutarli nel disegno dell'iniettore di PCR:
Primer3
WebPrimer
Trovili qui - strumenti di progettazione dell'iniettore di PCR.