Iniettori di PCR
Definizione di un iniettore di PCR:
Gli iniettori di PCR bruscamente singolo-sono incagliati, oligonucleotides sinteticamente sintetizzati solitamente più presto di 50 nucleotidi (spesso 18-25 nucleotidi).
Applicazioni degli iniettori di PCR
Gli iniettori di PCR sono per quanto siano importanti complementari all'inizio ed all'estremità del frammento del DNA di interesse che uno deve amplificare. Gli iniettori quindi selezionano i contorni della regione per essere amplificati da PCR. Durante il ciclo di ricottura di PCR, gli iniettori di PCR temprano alla regione complementare del DNA. Il grippaggio della polimerasi del DNA ed i 3’ OH del oligo permette che la sintesi di DNA accada.
Iniettori Di Scelta di PCR
Fattori Importanti Da considerare Quando Iniettori Di Scelta:
- Tm ottimale (~ 50-60°C di ricottura T)
- Il Gascromatografia-soddisfare del oligonucleotide dovrebbe essere fra 40-60%.
- Tm calcolato (temperatura di fusione) per entrambi gli iniettori utilizzati nella reazione non dovrebbe differire da > 5°C.
- La temperatura più superelegante di ricottura è solitamente 5°C sotto il Tm più basso calcolato. Tuttavia dovrebbe essere scelta empiricamente per le diverse circostanze.
- Le forcelle auto-complementari interne > di 4 e dei dimeri > 8 dovrebbero essere evitate.
- il terminus 3'è estremamente caso sensibile - non deve essere complementare ad alcuna regione dell'altro iniettore utilizzato nella reazione e deve fornire la base corretta che corrisponde alla mascherina.
- Se possibile, gli iniettori dovrebbero avviarsi ed estremità con 1-2 G o i residui di C
- Gli iniettori non dovrebbero avere alcuna struttura o auto-complementarità secondaria del extendisve (può provocare Iniettore-dimeri).
Disegno Dell'Iniettore di PCR
Programmi per aiutarli nel disegno dell'iniettore di PCR:
Primer3
WebPrimer
Trovili qui - strumenti di progettazione dell'iniettore di PCR.