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  Papéis recentemente publicados do PCR - diário actualizado

Um ensaio eletroquímico do gene de beta-1,3-Glucanase do capsicum transgénico… relacionou artigos

Um ensaio eletroquímico do gene de beta-1,3-Glucanase do capsicum transgénico usando o PCR assimétrico.

Ácidos nucleicos dos Nucleotides dos Nucleosides. 2009 novembro; 28 (11): 1051-67

Autores: Wu G, Wang Z, Zhang H, Yang N, Du J, Lu X, Kang J

5 assimétricos ' - as pontas de prova específicas Tiolato-derivatized do ADN foram adicionadas à única solução da reacção em cadeia do polymerase da primeira demão (PCR). No processo do PCR, as pontas de prova do ADN estenderam na presença do alvo; as pontas de prova prolongadas foram imobilizadas então em um elétrodo glassy do carbono (GCE) através dos nanoparticles do ouro. Finalmente, o azul de metileno e as pontas de prova prolongadas foram combinados e os sinais eletroquímicos foram medidos. Este sinal era mais elevado do que aquele do GCE modificado somente pela ponta de prova original. Quando não havia nenhum alvo na solução do PCR, a ponta de prova não estendeu e o sinal não aumentou. As seqüências específicas do gene de beta-1,3-glucanase foram detectadas com sucesso de três alvos com comprimento diferente: oligonucleotide, ADN do vetor do clone da molécula, e ADN total do genoma do capsicum transgénico. Os limites de deteção (- o moll de 2.6 x 10 (- 13), 7.8 x 10 (- 13), e 9.1 x 10 de 13) (- 1) para o oligonucleotide, o ADN do vetor do clone da molécula, e o ADN transgénico total do genoma do capsicum foram estimados.

PMID: 20183573 [PubMed - no processo]

Identificação da espécie bacteriana e fungosa transportada por via aérea no laboratório clínico da microbiologia de um hospital de ensino da universidade que empregam o PCR ribosomal do ADN (rDNA) e do gene que arranja em seqüência técnicas.

O Int J cerca a saúde Res. 2009 junho; 19 (3): 187-99

Autores: Nagano Y, caminhante J, Loughrey A, Millar C, ourives C, Rooney P, Elborn S, Moore J

O ADN ribosomal PCR-baseado do universal ou da “largo-escala” (rDNA) foi executado em uma coleção de 58 isolados (n = 30 bactérias + 28 fungos), originando do ar ambiental de diversas posições dentro de um laboratório clínico ocupado da microbiologia, suportando um hospital de ensino da universidade. Um total de 10 géneros bacterianos foi identificado que inclui géneros Gram-positive e Gram-negative. Os organismos Gram-positive esclareceram 27/30 (90%) da espécie bacteriana total, consistindo em sete géneros e (em ordem descendente de freqüência) Staphylococcus, micrococcus, Corynebacterium, Paenibacillus, Arthrobacter, Janibacter e Rothia incluídos. Os organismos Gram-negative foram isolados menos freqüentemente 3/30 (10%) e compreenderam três géneros, incluindo Moraxella, Psychrobacter e Haloanella. Oito géneros fungosos foram identificados entre os 28 organismos fungosos isolados, incluindo (em ordem descendente de freqüência) o Cladosporium, o Penicillium, o aspergilo, o Thanatephorus, a abside, o Eurotium, o Paraphaeosphaeria e o Tritirachium, com Cladosporium 10/28 esclarecendo (35.7%) dos isolados fungosos totais. Em conclusão, este estudo identificou a presença de 10 géneros bacterianos e oito fungosos no ar dentro do laboratório provado. Embora esta diversidade refletida dos micro-organismos atuais, nenhuma destes organismos fosse descrita previamente como tendo uma rota do inhalational da infecção laboratório-adquirida. Conseqüentemente, nós acreditamos que as espécies de organismos identificados e os níveis de concentração destes contaminadores transportados por via aérea determinados, não levantam uma ameaça significativa da saúde e da segurança para pessoais e visitantes immunocompotent do laboratório.

PMID: 20183192 [PubMed - no processo]

Sp de Sphingobium. HV3 degrada os herbicidas e utilização polyaromatic dos hidrocarbonetos ortho- e meta-caminhos com a expressão diferencial mostrada por RT-PCR.

Biodegradação. 2010 fevereiro 25;

Autores: Sipilä TP, Väisänen P, Paulin L, Yrjälä K

Sp de Sphingobium. HV3 descrito como um degrader do herbicida abriga o plasmídeo pSKY4, codificando um meta-caminho aromático. A função do plasmídeo foi estudada pelo mutagenesis do transposon Tn5 e a isolação do plasmídeo e as capacidades da degradação da tensão HV3 foram reavaliadas. A transcrição do tfdC do ortho-caminho foi contrastada ao xylE e ao bphC do meta-caminho usando o PCR do tempo real. O clonagem dos locais de Tn5-insertion do megaplasmid revelou genes para a degradação aromática e polyaromatic. Na tensão do mutante Km24 o transposon foi introduzido a um ORF similar ao grande subunit do dioxygenase hydroxylating do anel, no Km383 a um dehydrogenase do dihydrodiol do cis-biphenyl e no Km187 e no Km42 a um componente do reductase de um dioxygenase. Um ortho-caminho do chlorocathecol (kb 10) foi amplificado da tensão HV3. A transcrição do tfdC foi induzida pelo herbicida 2.4 ácido dichlorophenoxyacetic e o m-xylene causou a indução a mais elevada de genes aromáticos superiores e mais baixos do meta-caminho. As capacidades novas detectadas da degradação (m-xylene, tolueno, biphenyl, fluorene e phenanthrene) podem ser explicadas pela presença de genes funcionais do meta-caminho no megaplasmid pSKY4. A caracterização do sp de Sphingobium. HV3 melhora nossa compreensão das bactérias catabólicas versáteis que revelam papéis de caminhos e de plasmídeo da degradação na biodegradação.

PMID: 20182771 [PubMed - como fornecido pelo editor]

Um ensaio frente e verso novo do PCR do tempo real detecta o holmesii nos pacientes com Coqueluche-como sintomas em Ontário, Canadá de Bordetella.

Microbiol de J Clin. 2010 fevereiro 24;

Autores: Guthrie JL, Robertson avoirdupois, espiga P, Jamieson F, Drews SJ

O holmesii de Bordetella é um micróbio patogénico humano encontrado principalmente em pacientes immunocompromised. Um ensaio específico do PCR do tempo real foi desenvolvido e usado com sucesso para identificar os espécimes de que o holmesii do B. foi interpretado mal como Bordetella Pertussis, e para estabelecer a predominância do holmesii do B. em pacientes de Ontário com coqueluche-como sintomas.

PMID: 20181919 [PubMed - como fornecido pelo editor]

Comparação do staphylococcus Methicillin-Resistente do BD GeneOhm - (MRSA) ensaio áureo do PCR à cultura usando o tambor CHROMagar MRSA para a deteção de MRSA em culturas nasais da fiscalização dos pacientes de ICU.

Microbiol de J Clin. 2010 fevereiro 24;

Autores: Snyder JW, Munier GK, CL de Johnson

Este estudo comparou o ensaio tempo real do PCR do BD GeneOhm (TM) MRSA ao tambor (TM) CHROMagar (TM) MRSA para a deteção do staphylococcus methicillin-resistente - áureo em 627 espécimes nasais da fiscalização coletados dos ICU-pacientes. O ensaio do PCR teve a sensibilidade, a especificidade, o valor com carácter de previsão positivo e valores com carácter de previsão negativos de 100%, de 96.7%, de 70.3%, e de 100%, respectivamente. Nove de dezenove espécimes false-positive do PCR cresceram áureo de S. methicillin-suscetível (MSSA) da cultura do enriquecimento do caldo de carne de que dois demonstraram a evidência da saída do gene do mecA. Comparado ao tambor (TM) CHROMagar (TM) MRSA, o ensaio do PCR do BD GeneOhm (TM) MRSA demonstrou a sensibilidade e a especificidade acima de 95% para a deteção da colonização nasal de MRSA comparou ao ágar cromogéneo e desde que curto gira ao redor o tempo em gerar resultados finais positivos e negativos.

PMID: 20181916 [PubMed - como fornecido pelo editor]

A filtração ajustada da ponta de prova aumenta a correlação entre Affymetrix GeneChip e medidas da expressão qRT-PCR.

Bioinformática de BMC. 2010 fevereiro 24; 11 (1): 104

Autores: Mieczkowski J, Tyburczy MIM, Dabrowski M, Pokarowski P

SUMÁRIO: FUNDO: Os microarrays de Affymetrix GeneChip são plataformas populares para a expressão que perfila em dois tipos de estudos: a deteção da expressão diferencial computada por p-valores do t-teste e a avaliação da dobra mudam entre grupos analisados. Há muitos algoritmos diferentes do preprocessing para sumariar dados de Affymetrix. O objectivo principal destes métodos é remover os efeitos da hibridação não específica, e combinar óptima a informação das pontas de prova do múltiplo anotadas ao mesmo transcrito. Os métodos são avaliados em comparação com métodos de referência, tais como PCR quantitativo da reverso-transcrição (qRT-PCR). RESULTADOS: Nós apresentamos uma análise detalhada do acordo entre Affymetrix GeneChip e qRT--Resultados do PCR. Nós analisamos a influência da filtração pelos atendimentos do presente da fração introduzidos por J.N. McClintick e por H.J. Edenberg (2006) e 2 procedimentos de traço: a ponta de prova actualizado ajusta definições propor por Dai e outros (2005) e por nosso método “de traço” ingénuo. Por causa da evolução de anotações da seqüência do genoma desde o tempo quando os microarrays foram projetados, nós igualmente estudamos o efeito da data de lançamento da anotação. Estas comparações foram preparadas para 6 algoritmos populares do preprocessing (MAS5, ALICATE, RMA, GC-RMA, MBEI, e MBEImm) nos 2 tipos acima mencionados de estudos. Nós usamos séries de dados de 6 experiências biológicas independentes. Como uma medida da reprodutibilidade do microarray e dos valores qRT-PCR, nós usamos coeficientes de correlação lineares e florescentes. CONCLUSÕES: Nós mostramos que filtrar por atendimentos do presente da fração aumentou correlações para todos os 6 algoritmos preprocessing. Nós observamos a diferença no desempenho dos métodos PM-MM e PM-somente: usar pontas de prova do milímetro aumentou correlações em estudos da mudança da dobra, mas os métodos PM-somente provaram executar melhor na deteção da expressão diferencial. Nós recomendamos usar GC-RMA para a deteção da expressão diferencial e ALICATE para a avaliação da mudança da dobra. O uso da anotação mais recente melhora os resultados em ambos os tipos dos estudos, re-analysis encorajador de dados velhos.

PMID: 20181266 [PubMed - como fornecido pelo editor]

Aplicação do amplicon do PCR que arranja em seqüência usando um único par da primeira demão na amplificação do PCR para avaliar variações em motivos do phosphorylation do tyrosine de CagA EPIYA dos piloros de Helicobacter.

Notas de BMC Res. 2010 fevereiro 10; 3 (1): 35

Autores: Monstein HJ, Karlsson A, Ryberg A, Borch K

SUMÁRIO: FUNDO: A presença de vários motivos do phosphorylation do tyrosine de EPIYA na proteína de CagA dos piloros de Helicobacter foi sugerida para contribuir à patogénese nos adultos. Neste estudo, um ensaio do PCR e uma estratégia originais arranjar em seqüência foram desenvolvidos para estabelecer o número e a variação de motivos do cagA EPIYA. RESULTADOS: MDA-DNA derivou-se dos espécimes gastric da biópsia de onze assuntos com gastrite foi usado com M13- e T7- seqüência-etiquetou primeiras demão para a amplificação da região do motivo do cagA EPIYA. A electroforese capilar automatizada usando arranjar em seqüência de alta resolução do jogo e do amplicon confirmou variações na região do motivo do cagA EPIYA. Em nove casos, arranjar em seqüência revelou a presença motivo do cagA EPIYA do AB, do ABC, ou do ABCC (tipo ocidental), respectivamente. Em dois casos, os motivos dobro do cagA EPIYA foram detectados (ABC/ABCC ou ABC/AB), indicando que a presença de dois piloros do H. estica na mesma biópsia. CONCLUSÃO: A electroforese automatizada e o amplicon capilares que arranjam em seqüência usando par um único, de M13- e de T7-sequence-tagged da primeira demão na amplificação do PCR permitiram uma dactilografia molecular rápida de motivos do cagA EPIYA. Além disso, as técnicas descreveram permitido uma deteção rápida das tensões misturadas dos piloros do H. atuais no mesmo espécime da biópsia.

PMID: 20181142 [PubMed - como fornecido pelo editor]

O tipo rápido, sensível deteção específica do PCR do E6 e as regiões E7 do tipo humano 16 e 18 de Papillomavirus da parafina encaixaram seções da carcinoma cervical.

Contamine o cancro do agente. 2010 janeiro 22; 5 (1): 2

Autores: Lesnikova mim, Lidang M, Hamilton-Dutoid S, Koch J

SUMÁRIO: A infecção humana do papillomavirus (HPV), e particular na infecção com HPVs 16 e 18 é um fator carcinogénico central na cerviz uterine. Nós estabelecemos e aperfeiçoamos um ensaio do PCR para a deteção e a discriminação dos tipos 16 e 18 de HPV no formaldehyde arquivístico reparado e na parafina encaixou seções (de FFPE) do cancro cervical. Os blocos do tecido de 35 caixas da carcinoma cervical in situ ou invasora do squamouscell e das seções substitutos de FFPE que contêm as linha celular HeLa e SiHa foram testados para HPV 16 e HPV18 e para o beta-actínio do gene das tarefas domésticas pelo PCR convencional usando o tipo primeiras demão do específico. Usando as primeiras demão E7 de HPV 16, os produtos do PCR com o comprimento previsto foram detectados em 18 de 35 das seções de FFPE (51%). As seqüências E7 específicas de HPV 18 foram detectadas em 3 de 35 seções de FFPE (9%). Em nossa experiência, a técnica do PCR é uma maneira robusta, simples e sensível de tipo deteção específica dos genes HPV16 e HPV18 no tecido de FFPE. Isso faz esta técnica aplicável às práticas rotineiras da deteção de HPV.

PMID: 20180999 [PubMed - como fornecido pelo editor]

Os ensaios quantitativos do PCR para examinar o vírus adenóide dos Bovídeos nivelam em amostras ambientais.

Microbiol de J Appl. 2010 janeiro 22;

Autores: Wong K, Xagoraraki mim

Alvos do sumário: Os estudos precedentes sugeriram que os vírus adenóides bovinos (BAdVs) poderiam ser usados como indicadores faecal do gado. O alvo principal deste estudo era examinar os níveis de BAdV em amostras ambientais usando a reacção em cadeia quantitativa do polymerase (qPCR). Métodos e resultados: Dois ensaios do qPCR foram desenvolvidos para identificar e determinar BAdVs em amostras ambientais. BAdVs foi detectado em todo o estrume da leiteria, e na maioria dos casos, as concentrações da amostra eram ao redor 10 (3) - 10 (4) cópias ml (- 1). As amostras da drenagem da telha da exploração agrícola foram detectadas igualmente, mas as concentrações eram o registro aproximadamente 1-3 (10) mais baixo do que as concentrações de BAdV nas amostras do estrume. Os níveis equivalentes da cópia do genoma (GEC) de BAdV e o fago que dá forma a níveis da unidade (PFU) de fago somático em amostras do estrume eram comparáveis. Quatro de vinte fezes individuais do gado eram positivas com as concentrações similares àquela encontrada nas amostras do estrume. Arranjar em seqüência resultados confirmou a presença de BAdV nas amostras ambientais, e a análise phylogenetic indicou que BAdV 2 e 4 era os serotypes os mais predominantes em todas as amostras do estrume testadas. Os ensaios do qPCR tornaram-se neste estudo mostraram uma sensibilidade mais elevada em detectar BAdV 1 e 2 do que o ensaio aninhado publicado precedente. Conclusão: Os altos níeses de BAdV nas amostras ambientais podem sugerir que poderia ser usada para o indicador faecal bovino. Os níveis significativos de BAdV nas amostras da drenagem podem indicar o potencial da poluição de água de superfície pelo estrume aplicado aos campos de exploração agrícola. Significado e impacto do estudo: Este é o primeiro estudo que relata o nível quantitativo de BAdV em amostras ambientais. Estes resultados poderiam ser úteis quando vem a determinar se BAdV poderia ser utilizado como um indicador faecal bovino.

PMID: 20180879 [PubMed - como fornecido pelo editor]

Abundância elevada de bactérias de JS-1- e Chloroflexi-relacionadas em sedimentos marinhos profundamente enterrados reveladas por quantitativo, PCR do tempo real.

Microbiol Ecol de FEMS. 2010 janeiro 19;

Autores: Blazejak A, Schippers A

As seqüências abstratas dos membros da divisão bacteriana JS-1 do candidato e das classes Anaerolineae e Caldilineae do phylum Chloroflexi são encontradas freqüentemente nas bibliotecas do clone do gene do rRNA 16S obtidas dos sedimentos marinhos. Usando um ensaio quantitativo, tempo real recentemente projetado do PCR, estes grupos bacterianos foram determinados comum nas amostras dos sedimentos marinhos near-surface e profundamente enterrados da margem de Peru, do Mar Negro, e de uma bacia do forearc fora do console de Sumatra. Em sedimentos near-surface, as seqüências do JS-1 e também as bactérias de Anaerolineae- e Caldilineae-relacionadas foram determinadas com números de cópia significativamente mais baixos do gene do rRNA 16S do que as seqüências das bactérias totais. Ao contrário, em sedimentos profundamente enterrados abaixo de uma profundidade de aproximadamente 1 m, as quantidades similares das cópias do gene do rRNA 16S destes grupos específicos e as bactérias foram encontradas. Isto que encontra indica que JS-1 e Anaerolineae- e as bactérias Caldilineae-relacionadas puderam dominar a comunidade bacteriana em sedimentos marinhos profundamente enterrados e assim parecer jogar um papel ecológico importante na biosfera profunda.

PMID: 20180854 [PubMed - como fornecido pelo editor]

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