PCR aninhado
PCR aninhado
Definição de PCR aninhado:
PCR aninhado é uma variação da reação chain do polymerase (PCR), que dois pares (em vez de um par) de primers de PCR estão usados amplificar um fragmento.
O primeiro par de primers de PCR amplifica um fragmento similar a um PCR padrão. Entretanto, um segundo par dos primers chamou o interior aninhado do ligamento dos primers (como se encontram /are aninhado dentro do primeiro fragmento) o primeiro fragmento do produto de PCR para permitir o amplification de um segundo produto de PCR que fosse mais curto do que primeiro.
A vantagem de PCR aninhado é que se o fragmento errado de PCR for amplificado, a probabilidade é completamente baixa que a região seria amplificada uma segunda vez pelo segundo jogo dos primers. Assim, PCR aninhado é um amplification muito específico de PCR.
A reação aninhada de PCR
PCR aninhado requer dois jogos dos primers que são usados amplificar um fragmento específico do DNA usando dois funcionamentos separados de PCR. O segundo par dos primers funciona para amplificar um fragmento menor do DNA do específico situado dentro do primeiro produto de PCR.
Diagrama aninhado da reação de PCR
Etapas do PCR aninhado
Etapa uma: O molde do alvo do DNA é limitado pelo primeiro jogo dos primers mostrados no azul. Os primers podem ligar à alternativa, os locais obrigatórios do primer similar que dão os produtos múltiplos entretanto somente um destes produtos de PCR dão a seqüência pretendida (produtos múltiplos não mostrados).
Etapa dois: Os produtos de PCR da primeira reação de PCR são sujeitados a um segundo PCR funcionado entretanto com um segundo jogo novo dos primers mostrados no vermelho.
Enquanto estes primers SÃO ANINHADOS dentro do primeiro produto de PCR, fazem muito improvável que o produto non-specifically amplificado de PCR conteria locais obrigatórios para ambos os jogos dos primers. Este amplification aninhado de PCR assegura-se de que o produto de PCR do segundo amplification de PCR tenha quase nenhuma contaminação dos produtos non-specifically amplificados de PCR das seqüências alternativas do alvo do primer.
Protocolo aninhado de PCR
Veja o protocolo aninhado de PCR
PCR aninhado: Publicações
Usando análises aninhadas de RT-PCR determinar o prevalence do influenza avian v… Artigos relacionados
Usando análises aninhadas de RT-PCR determinar o prevalence de vírus avian do influenza nos passerines em Slovakia ocidental, durante o verão 2007.
Scand J Infect Dis. 2008 setembro 5;: 1-4
Autores: Gronesova P, Kabat P, Trnka A, Betakova T
O prevalence do vírus avian do influenza (AIV), junto com a distribuição de subtypes diferentes de AIV, foi estudado em waterfowl migratory e nos pássaros terrestrial travados em Slovakia ocidental durante o verão 2007. Os cotonetes oropharyngeal e cloacal foram coletados. A seleção das amostras revelou que 18% de oropharyngeal e 18% de amostras cloacal eram positivos para AIV. As amostras do oropharynx e do cloaca eram positivas em somente 6.6% dos casos. Um total de 10 subtypes diferentes do haemagglutinin (H2, H3, H4, H6, H7, H9, H10, H11, H12, e H13) e de 4 subtypes diferentes do neuraminidase (N1, N2, N3, e N5) foi detectado em 32 amostras desta posição. Os subtypes os mais abundantes do HA nas amostras eram H12 e H9 (25% cada), seguidos por H11 e por H10 (15% cada), e H13 (9%). Havia 3 casos onde as infecções diferentes de AIV foram detectadas nas amostras oropharyngeal e cloacal que originam do mesmo pássaro (H13N1 e H12N5; H13N3 e H9N5; H10N2 e H9N5 no oropharynx e no cloaca, respectivamente).
PMID: 18777249 [PubMed - como fornecido pelo publisher]