Праймеры PCR
Определение праймера PCR:
Праймеры PCR короткие single-stranded, синтетически синтезированные нуклеотидов олигонуклеотидов обычно более короткие чем 50 (часто 18-25 нуклеотидов).
Применения праймеров PCR
Праймеры PCR важны по мере того как они комплементарны к началу и концу части дна интереса что нужно усилиться. Праймеры поэтому выбирают границы области быть усиленным PCR. Во время цикла отжига PCR, праймеры PCR обжигают к комплементарной зоне дна. Вязка полимеразы дна и 3 ' OH oligo позволяют синтезу дна произойти.
Выбирать праймеры PCR
Важные факторы, котор нужно рассматривать выбирая праймеры:
- Оптимальное ~ 50-60°C Tm (отжига t)
- GC-содержание олигонуклеотида должно находиться между 40-60%.
- Высчитанный Tm (плавя температура) для обоих праймеров используемых в реакции не должен отличать >5°C.
- Температура нагрева при отжиге праймера обычно 5°C под высчитанным более низким Tm. Однако она должна быть выбрана эпирически для индивидуальных условий.
- Внутренние собственн-комплементарные hairpins >4 и димеров >8 должны быть во избежаниеы.
- ' terminus 3 весьма случай чувствительный - он не должен быть комплементарн к любой зоне другого праймера используемого в реакции и должен обеспечить правильно основание сопрягая к шаблону.
- Если возможно, праймеры должны начать и конец с 1-2 g или выпарками c
- Праймеры не должны иметь любые структуру или собственн-комплементарность extendisve вторичную (смогите привести к в Праймер-димерах).
Конструкция праймера PCR
Программы, котор нужно помочь вам в конструкции праймера PCR:
Primer3
WebPrimer
Найдите они здесь - инструменты для конструирования праймера PCR.