Nested PCR Nested PCR
Nested PCR Nested PCR
Definition of Nested PCR : Opredelitev Nested PCR:
Nested PCR is a variation of the polymerase chain reaction (PCR), in that two pairs (instead of one pair) of PCR primers are used to amplify a fragment. Nested PCR je odstopanje od verižna reakcija s polimerazo (PCR), da v dveh parov (namesto ene par) PCR primerji se uporablja za razširitev fragment.
The first pair of PCR primers amplify a fragment similar to a standard PCR. Prvi par PCR primerji razširjajo fragment podobne standardne PCR. However, a second pair of primers called nested primers (as they lie / are nested within the first fragment) bind inside the first PCR product fragment to allow amplification of a second PCR product which is shorter than the first one. Vendar pa drugi par začetnih oligonukleotidov, imenovano Vstavljena oligonukleotidov (kot so laž / Vstavljena so v prvi fragment) zavezuje znotraj prvega produkta PCR fragmentov, da se omogoči pomnoževanjem drugega produkta PCR, ki je krajši od prvega.
The advantage of nested PCR is that if the wrong PCR fragment was amplified, the probability is quite low that the region would be amplified a second time by the second set of primers. Prednost Vstavljena PCR je, da če je narobe PCR fragmentov je bila dopolnjena, je verjetnost, je precej nizka, da bi bila regija dopolnjena drugem času, ki ga je drugi sklop začetnih oligonukleotidov. Thus, Nested PCR is a very specific PCR amplification. Tako Nested PCR je zelo specifična PCR ojačanja.
The Nested PCR Reaction V Vstavljena reakcije PCR
Nested PCR requires two sets of primers which are used to amplify a specific DNA fragment using two separate runs of PCR. Nested PCR zahteva dva kompleta začetnih oligonukleotidov, ki se uporabljajo za razširitev posebne fragmentom DNA z uporabo dveh ločenih teče PCR. The second pair of primers function to amplify a smaller specific DNA fragment located within the first PCR product. Drugi par začetnih oligonukleotidov funkcija za razširitev na manjše posebnih fragmentom DNA nahaja v prvem produkta PCR.
Nested PCR Reaction Diagram Nested PCR reakcija diagram
Steps of the Nested PCR Koraki od Nested PCR
Step One: The DNA target template is bound by the first set of primers shown in blue . En korak: DNA cilja je predlogo, ki jo veže prvi niz začetnih oligonukleotidov je prikazano v modri barvi. The primers may bind to alternative, similar primer binding sites which give multiple products however only one of these PCR products give the intended sequence (multiple products not shown). Oligonukleotidov je lahko zaveže k alternativnim, podoben primer vezavnih mest, ki dajejo večkratne proizvode, pa le eden od teh produktov PCR dal je predvidena zaporedje (več proizvodov, ki niso prikazani).
Step Two: PCR products from the first PCR reaction are subjected to a second PCR run however with a second new set of primers shown in red . Dva koraka: produktov PCR iz prve reakcije PCR, se opravi drugi PCR vožnji pa z drugo nov niz začetnih oligonukleotidov je prikazano v rdeči barvi.
As these primers are NESTED within the first PCR product, they make it very unlikely that non-specifically amplified PCR product would contain binding sites for both sets of primers. Ker teh oligonukleotidov so Vstavljena v prvih produkta PCR, ki jih je zelo malo verjetno, da nespecifično pomnožene produkta PCR bi vsebovala vezavnih mest na obeh začetnih oligonukleotidov. This nested PCR amplification ensures that the PCR product from the second PCR amplification has little or no contamination from non-specifically amplified PCR products from alternative primer target sequences. Ta Vstavljena PCR ojačanja zagotavlja, da produkta PCR iz drugega PCR ojačanja je zelo malo ali nič onesnaženja iz nespecifično pomnožene produktov PCR iz alternativnih primer ciljnih zaporedij.
Nested PCR protocol Vstavljena protokol PCR
See Nested PCR Protocol Glej Vstavljena protokol PCR
Nested PCR : Publications Nested PCR: Publikacije
Detection of concurrent infection with multiple dengue virus serotypes in Tha... Related Articles Odkrivanje sočasno okužbo z več serotipov virusa mrzlica denga v Tha ... Sorodni članki
Detection of concurrent infection with multiple dengue virus serotypes in Thai children by ELISA and nested RT-PCR assay. Odkrivanje sočasno okužbo z več serotipov virusa mrzlica denga v tajski otrok, ki jih Vstavljena ELISA in RT-PCR testu.
Arch Virol. Arch Virol. 2008 Nov 15; 2008 nov 15;
Authors: Chinnawirotpisan P, Mammen MP, Nisalak A, Thaisomboonsuk B, Narupiti S, Thirawuth V, Putnak R, Zhang C Avtorji: Chinnawirotpisan P, Mammen MP, Nisalak A, B Thaisomboonsuk, Narupiti S, Thirawuth V Putnak R, Zhang C
The prevailing global spread of four dengue virus (DENV) serotypes and the resultant co-circulation of multiple serotypes in the same region have invariably led to conditions supporting the periodic occurrence of simultaneous infection of individuals with more than one DENV serotype. Prevladujočo svetovno širjenje štirih Denga virus (DENV) serotipov in posledični co-obtoku več serotipov v isti regiji imajo vedno privedla do razmer v podporo periodičnega pojavljanja sočasnih okužb posameznikov pri več kot enem DENV serotip. This raises the issue of how best to detect concurrent multiple infections. Ob tem se poraja vprašanje o tem, kako najbolje odkriti več sočasnih okužb. We report here the use of a nested reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay, which detected concurrent infection with three DENV serotypes (DENV-1/DENV-2/DENV-3) and two serotypes (DENV-1/DENV-2 and DENV-2/DENV-4), respectively, in three serum specimens from Thai children hospitalized during the dengue epidemic of 2000-2001. Mi tukaj je uporaba poročila o Vstavljena povratne prepisu-verižna reakcija s polimerazo (RT-PCR) test, ki odkrije sočasno okužbo s tremi DENV serotipov (DENV-1/DENV-2/DENV-3) in dve serotipov (DENV-1 / DENV-2 in DENV-2/DENV-4), v tem zaporedju, v tri vzorce seruma od tajskih otrok hospitalizirani v dengue epidemije 2000-2001. In contrast, an enzyme-linked immunosorbent assay used previously for virus serotype identification failed to detect multiple DENV serotypes in these specimens. V nasprotju z encimsko-imunskim testom prej uporabljene za identifikacijo virusa serotip ni uspelo odkriti več serotipov DENV v teh osebkov. Serotype identification by RT-PCR was confirmed by sequence analysis of each amplified PCR product. Serotip identifikacijo s pomočjo RT-PCR je bila potrjena z analizo zaporedja vsakega dopolnjena produkta PCR. Phylogenetic analyses performed on PCR-amplified DNA fragments further supported the occurrence of concurrent infections with multiple DENV serotypes in these children. Phylogenetic opravljenih analiz na PCR-amplified DNA fragmenti nadalje podpirajo pojav sočasne okužbe z več serotipov DENV v teh otrok. Although the sample set was small, our data suggest that nested RT-PCR is an effective method for the detection of concurrent DENV infections. Čeprav je bil majhen, določenem vzorcu, naši podatki kažejo, da Vstavljena RT-PCR, je učinkovita metoda za odkrivanje DENV sočasne okužbe.
PMID: 19011729 [PubMed - as supplied by publisher] PMID: 19011729 [PubMed - kakor jih je dobavil založnik]